Però in effetti è giusto, nel mio esempio se si elimina min-height dal primo div, il footer non si posiziona a fondo pagina, invece utilizzando il posizionamento assoluto, anche eliminando gli height da entrembi i div, il posizionamento a fondo pagina del footer resta.

html,body{background-color:#ffffff;color:#000000;margin:0;padding:0;text-align:center;height:100%;}
#content{background-color:#ccc;width:960px;margin:0 auto;height:auto !important;height:90%;min-height:90%;}
#footer{background-color:#666;width:960px;margin:0 auto;height:10%;}

In poche parole, bisogna dare delle regole non solo a body ma anche a html (io di solito nei css li unisco sempre).
Mentre per centrare i due div ho usato margin: 0 auto (0 per i margini top e bottom e auto per left e right. In questo modo i div restano sempre centrati).

Ho eliminato il posizionamento assoluto ed ho usato un piccolo trucchetto in content.
Cioè, per tutti i browser e per le utime versioni di IE, basta usare min-height, che permette di dare un’altezza minima fissa al div che poi aumenta in base ai contenuti inseriti. Siccome con IE6 e precedenti non funziona si fa uso di quel trucchetto.

Mi piace l’idea di fissare l’elemento da qualche parte senza usare l’attributo fixed che su IE da moltoi problemi: ovvio, i problemi poi sono altri, ma è sempre interessante trovare valide alternative un po’ furbe.